Mari Kosugi, eine Produzentin beim Toto Radio, wird von ihrem Arbeitgeber beauftragt, den zurückgezogen lebenden Drehbuchautor Kori Yamabuki zu besuchen. Kori leidet unter dem Tourette-Syndrom und hat große Schwierigkeiten mit zwischenmenschlicher Kommunikation.
Obwohl Mari zunächst unsicher ist, beginnt sie allmählich, seine innere Welt zu verstehen und zwischen den beiden entsteht ein stilles Vertrauensverhältnis. Kori erzählt ihr die Geschichte vom „Tausendjährigen Badehaus“ – einem geheimnisvollen Badehaus, das angeblich an der Grenze zwischen dieser Welt und der nächsten existiert.
Kurz darauf verschwindet er spurlos. Alles, was er zurücklässt, ist ein uraltes Instrument, bekannt als die Jomon-Flöte. Von der Flöte geleitet, begibt sich Mari auf eine Reise in die Vergangenheit.